HACCPにおける物理的危害要因は、食品に通常存在することがない硬質異物などで物理的な作用で健康被害を与えてしまう可能性があるものを指します。ただし、HACCPの物理的危害要因は必ずしも硬質異物だけとは限りません。本来入ってはならないものが物理的に入り込むものが物理的危害要因であり、製造装置の金属やプラスチックやガラスなどパッケージの一部などです。これらが食品に含まれていることを知らずに消費者が口にすることで口の中をケガしてしまう、歯が欠けてしまうなどの事故が起きることもあるわけです。
ニュースの中などでは、本来入ることがない針が混入していたなどのケースもあるわけですが、食品工場には様々な異物混入ポイントが存在しているので、HACCPの導入でそのポイントを明確にすること管理や対策を行ことが求められます。食品工場で起こりやすい異物混入には何があるのか、これは原料などからも考えておく必要がある項目です。原材料を入れてある梱包資材にホチキスの針が使われているとき、それを知らずに材料の中に落としてしまい食品加工品に異物として混入することもゼロとはいい切れません。食べていたら変なものがあり、それを口から出したらホチキスの針だった、これは在ってはならない異物混入事故です。
機械類の定期的な点検や清掃などはもちろん、原材料のパッケージを開封するときの手順を示すマニュアルの整備なども必要になります。また、マニュアルに従い作業を行ったことを記録することも重要です。